南京大学拥有多达多个研究生院，涵盖众多专业领域。包括计算机科学与技术、电子科学与技术、材料科学与工程等。东南大学，作为历史悠久的知名高校，研究生院涵盖了土木工程、交通运输工程、生物医学工程等学科。南京航空航天大学则以航空航天为特色，研究生院涵盖航空宇航科学与技术、力学、控制科学与工程等。南京理工大学，以国防科技为特色，研究生院涵盖兵器科学与技术、化学工程与技术等。中国药科大学，药学特色高校，研究生院涵盖药学、生物学、化学等学科。南京农业大学，农业特色高校，研究生院涵盖作物学、农业资源利用、植物保护等学科。南京师范大学，教育学特色高校，研究生院涵盖教育学、心理学、中国语言文学等学科。南京工业大学，工程特色高校，研究生院涵盖材料科学与工程、化学工程与技术、环境工程等学科。南京信息工程大学，信息科技特色高校，研究生院涵盖信息与通信工程、电子科学与技术、计算机科学与技术等学科。南京医科大学，医学特色高校，研究生院涵盖基础医学、临床医学、公共卫生与预防等学科。

南京大学的院系都有研究生招生资格，覆盖了多个领域。文学院包括文学系、语言学系、文献学系、戏剧影视艺术系、大学语文部等。哲学系及宗教学系、历史学院、物理学院、数学系、天文与空间科学学院、地球科学与工程学院、大气科学学院、地理与海洋科学学院、计算机科学与技术系、电子科学与工程学院、现代工程与应用科学学院、新闻传播学院、商学院、外国语学院、法学院、生命科学学院、政府管理学院、马克思主义学院、信息管理学院、社会学院、化学化工学院、环境学院、医学院、软件学院、工程管理学院、匡亚明学院及建筑与城市规划学院，涵盖了文学、哲学、历史、物理、数学、天文学、地球科学、大气科学、地理、计算机科学、电子科学、工程、新闻、商学、外语、法律、生命科学、政治学、管理、马克思主义、信息管理、社会学、化学、环境科学、医学、软件工程、工程管理、基础学科教育、建筑学等众多领域。