清华大学拥有众多优势专业，包括国家品牌专业中的水利水电工程、车辆工程、能源与动力工程和核工程与核技术等，以及国家重点专业中的建筑学、土木工程、机械工程、自动化、机械设计制造及其自动化、测控技术与仪器等。

北京大学则在多个学科领域占据领先地位，如理科的数学、统计、物理、化学、生物、心理、地理、地质、环境等，文科的中文、哲学、法学、信息管理、外交、历史、政治、外语、经济、考古等，工科的建筑、土木、桥梁、机械、电气、能动、电子、通信、材料、计算机等，均在国内处于领先水平。

清华大学的优势专业覆盖了哲学、经济学、法学、教育学、文学、历史学、理学、工学、医学、管理学、艺术学等学科门类，其中在商科专业如金融、会计、市场营销、财务管理等领域，北大的光华管理学院享有更高的声誉，毕业生就业也更加出色；而清华大学经济管理学院则在学术研究方面更为出色，深造机会更多。

计算机专业方面，北京大学偏向理科，清华大学偏向工科。具体选择应根据个人兴趣和职业规划进行权衡。

总体而言，北京大学和清华大学在中国大学排行榜上已连续多年位居冠亚军，北京大学在某些方面略占优势，但差距不大，两校各有所长。

值得一提的是，北京大学医学部目前在国内排名领先，而清华大学医学部与协和医院合作紧密，未来发展前景尚难以断言。