申请办理自学考试毕业证书的程序主要分为四个步骤。首先，考生需在规定时间内向当地自学考试办公室提交全部课程合格证明，包括实践环节。申请时间分为两次，分别在每年的6月和12月。完成申请的考生，如在6月提交，需等待至10月领取毕业证书；若在12月提交，则需在次年的4月领取。

接着，考生需填写《毕业生登记表》，并由所在单位或街道办事处签署意见。此表不得隐瞒事实或伪造信息，一经发现，将严肃处理，并取消毕业资格。考生应确保信息真实有效。

随后，当地自学考试办公室将对提交的资料进行审核。审核合格的考生将获得由省、自治区、直辖市考委颁发的毕业证书，主考学校将在证书上副署。

最后，毕业证书及相关档案材料将送交至考生所在单位的组织、人事或劳动部门，存入个人档案中。整个程序旨在确保毕业证书的公正性与合法性，同时也为毕业生提供了正规的学历认证。