最显著的区别在于毕业学位。九年制直接获得博士学位，而八年制则是在研究生阶段毕业，获得硕士学位。在研究生阶段的培养过程中，八年制有33个月的规范培训，九年制则在此基础上增加了12个月的科研提升，最高可延迟四年毕业。九年制实行小班制教学，而八年制在每年招生时还需要进行分班，分班主要根据学习研究方向进行，比如基础医学、针灸推拿学、临床医学等，这也会导致课程设置和教学内容的不同。

在课程设置、教学方法和进度方面，九年制和八年制之间也存在一定的差异。九年制由于增加了科研提升阶段，因此在课程设置上可能会更加注重科研技能的培养，同时也有可能有更多的机会参与科研项目。而八年制则更注重基础理论和临床实践的结合，可能在临床实践方面会更加丰富。在师资配备方面，由于九年制增加了科研提升阶段，因此可能会配备更多的科研人员，而八年制则更注重临床医学教师的配备。

此外，九年制和八年制在教学资源和设施方面也有所不同。九年制由于增加了科研提升阶段，因此可能会有更多的实验室、科研设备和图书馆等设施供学生使用。而八年制则更注重临床实践，因此可能会有更多的临床教学基地和实习机会。在教学方法方面，九年制可能会采用更多的科研方法进行教学，而八年制则更注重实践教学和案例分析。

综上所述，九年制和八年制在毕业学位、课程设置、教学方法、师资配备、教学资源和设施等方面都存在一定的差异。选择哪种模式，需要根据个人的职业规划和兴趣爱好来决定，同时也需要考虑学校的教学资源和师资配备等因素。