确实，考取环境工程专业研究生算作跨专业，即使你本科是环境科学专业，尽管两者都是环境科学学院，但课程设置仍然有很大差异。例如，环境工程更注重工程技术方面的内容，而生态学则偏向理论研究。生态学可能更多地涉及到生态系统的研究、生物多样性保护等内容。

环境工程研究生阶段，导师更倾向于招收能够进行实际工程操作的学生，因此男生可能会受到更多的青睐，因为这类研究通常需要进行户外考察或者参与实际工程项目。

你为何想要跨专业到环境工程呢？如果是从生态学转到环境工程，可能会有一定难度，因为环境工程更多地涉及到应用技术，而非纯粹的理论研究。不过，很多学校的环境科学课程中也会包含生态学的内容，这可能会为你转专业提供一些便利。

个人建议是，考研并非难事，关键在于自身的努力和自制力。希望你能克服挑战，取得理想的成绩。