预付款扣回计算公式： R=（C-F1S）A/（F2-F1）S。

其中：R—每次进度付款中累计扣回的金额；A—工程预付款总金额；S—合同价格；C—合同累计完成金额；F1—按合同规定开始扣款时累计完成金额达到合同价格的比例；F2—按合同规定全部扣清时累计完成金额达到合同价格的比例。

预付的工程款必须在合同中约定扣回方式，常用的扣回方式：

（1）在承包人完成累计金额达到合同总价一定比例（双方合同约定）后，采用等比率或等额扣款的方式分期抵扣。也可针对工程实际情况具体处理，如有些工程工期较短、造价较低，就无需分期扣还；有些工期较长，如跨年度工程，其预付款的占用时间很长，根据需要可以少扣或不扣。

（2）从未完施工工程尚需的主要材料及构件的价值相当于工程预付款数额时起扣，从每次中间结算工程价款中，按材料及构件比重抵扣工程预付款，至竣工之前全部扣清。

法律分析：

法律依据：《中华人民共和国建筑法》 第六十八条 在工程发包与承包中索贿、受贿、行贿，构成犯罪的，依法追究刑事责任构成犯罪的，分别处以罚款，没收贿赂的财物，对直接负责的主管人员和其他直接责任人员给予处分。