发票显示已作废的原因可能有以下几点：

1. 操作失误或管理问题。发票作废可能是由于操作失误导致的，如重复打印或误开等。此外，也可能是由于企业内部管理问题导致的发票被误标记为作废状态。例如发票保管不当，出现了破损或涂改等情况。此时，企业应及时查明原因并采取措施，确保发票管理流程的准确性和规范性。

原因解释一：操作失误。在日常工作中，由于工作人员的疏忽或技能不熟练，可能会出现重复打印发票的情况。此外，由于软件故障等原因，误点“作废”按钮也是有可能的。这种情况下的发票会呈现已作废的状态，给企业带来不必要的麻烦和损失。因此，企业应该加强员工培训，提高操作技能，同时定期检查系统，确保软件运行正常。

原因解释二：企业内部管理问题。除了操作失误外，企业内部管理制度不健全或者执行不到位也可能是发票被误标记为作废的原因。例如发票保管责任人未履行职责，导致发票丢失、损坏或涂改等情况发生。针对这一问题，企业应完善管理制度，明确岗位职责，加强内部监管力度，确保发票的安全和完整。同时，建立奖惩机制，对违反规定的员工进行相应处理。通过加强管理力度和执行力度，可以有效避免发票显示已作废的情况出现。