区别在于报考条件不一致。

南师附中特长生科目主要包括科技特长生和学科特长生，科技特长生要求在初中综合素质评价中，道德品质、公民素养、交流与合作均为合格等第，学习能力、运动与健康、审美与表现均为B级及以上，且符合以下条件之一：初中阶段，在科技工程创新方面具有浓厚兴趣与创新潜质；初中阶段，在)全国青少年科技创新大赛、江苏省青少年科技模型大赛等等省教育厅公布的“全省中小学生竞赛活动项目”中获得省级一等奖及以上奖项。

学科特长生要求初中综合素质评价中，各项均为B级及以上，且符合以下条件之一：初中阶段，在语文、政治、历史、数学、物理、化学、生物、信息学（计算机）等方面具有浓厚兴趣和创新潜质；在以下由省教育厅公布的“全省中小学生竞赛活动项目”中获得省级一等奖及以上奖项：全国中学生数学奥林匹克竞赛、全国中学生信息学奥林匹克竞赛或CCF非专业级软件能力认证（第二轮）等等。