南通大学专业建设亮点显著，临床医学专业尤为突出，其体解剖与组织胚胎学为国家重点培育学科，医学领域的内科学、外科学也是省级重点。在基础医学和新能源及其装备方面，南通大学拥有省级高校优势学科。

此外，该校在信息与通信工程、电气工程及其自动化、预防医学、汉语言文学、英语、美术学、航空航天与航海医学等领域也展现出较强的竞争力，其中不少专业被列为国家级特色专业。

南通大学在临床医学、预防医学、基础医学等领域的表现较为优秀，临床医学专业尤为显著。若不倾向于医学类专业，工科生可考虑通信工程或电气工程等专业。对于文科生来说，英语、汉语言文学等专业是不错的选择。