东南大学的校园分布广泛，共有四个主要校区。四牌楼校区位于南京玄武区四牌楼2号，这里主要承担研究生教育、高年级本科生教育、继续教育（不包括医学专业）和科学技术研究的任务。丁家桥校区则坐落于鼓楼区的丁家桥，是医学学科的教学与研究基地，同时也是东南大学附属的中大医院所在地。

九龙湖校区是东南大学最新的校区，位于江宁经济技术开发区的南部。其建筑设计灵感来源于东南大学的历史文化背景，采用了公共核心教学组团与专业教学族群组团相结合的形式。目前，九龙湖校区已经建成的教学区、科研实验区、行政办公区、本科生宿舍、研究生宿舍、教师住宅区以及后勤保卫区等设施，为师生提供了全面的生活和学习环境。

无锡分校设在无锡太湖国际科技园区内，专注于培养电子信息领域的高层次人才。分校的设立不仅为无锡地区的经济发展注入了新的动力，也为东南大学的学科建设和人才培养提供了新的平台。