福建卫生职业技术学院和福建生物工程职业技术学院都是省属学校，福建生物工程职业技术学院隶属于省药品监督管理局，而福建卫生职业技术学院则由省卫生厅管理。两个学校的专业设置有所不同，具体来说，福建生物工程职业技术学院在医药研究和医药营销方面表现较为突出，而福建卫生职业技术学院在护理和检验医学方面则具备一定的优势。这也就意味着，选择哪所学校，主要取决于你对哪个专业更感兴趣。

这两个学校都是公办的，因此在教学质量、师资力量等方面不会有太大的差距。它们之间的主要区别在于地理位置，福建生物工程职业技术学院位于闽侯，而福建卫生职业技术学院则位于市区。这也会影响到学生的生活便利性和出行成本。

当然，学校的选择不仅仅取决于专业和地理位置，还包括师资力量、教学资源、就业前景等因素。建议你详细了解这两个学校的实际情况，结合自己的兴趣和职业规划做出选择。

另外，两个学校都注重学生的全面发展，除了专业课程之外，还会提供丰富的课外活动和社会实践机会，帮助学生提升综合素养。

综上所述，福建卫生职业技术学院和福建生物工程职业技术学院各有优势，具体选择哪个学校，需要根据你的专业兴趣和职业规划来决定。希望这些信息对你有所帮助。