晚年的郭鹤年是公益事业的积极倡导者。2005年1月，郭鹤年通过其嘉里粮油(中国)公司，向主持“希望工程”的中国青少年基金会捐赠5000万元，从2005起，一连五年为经济困难的农民工子女每人每学年提供600元至900元的助学金，帮助他们完成学业。

2013年10月5日，郭鹤年宣布向厦大马来西亚分校捐赠1亿马币(约合人民币2亿元)，建设厦大马来西亚分校的图书馆大楼。该楼为校区主要大楼之一。