建议选择澳门大学。

首先从学校来看，澳门大学是澳门地区最好的大学，科技大学毕竟是私立的。

其次，澳门大学中华医药研究院专业实力非常好，算澳门大学比较有名的专业，而且有众多来自两岸三地的学者在此执教。特别是研究生培养，硕士博士都很优秀，以前我在澳大读书的时候，认识几个博士都非常优秀，常出国交流。不仅研究硬件好，而且对研究生津贴很多，基本上无后顾之忧。

再者，澳门大学读研究生可以申请奖学金（大部份硕士和全部博士都能申请成功），奖学金一年10多万，免学费。

当然，科技大学有个附属医院，可能实习起来不错。

不过，就内地认知度而言，澳门高等教育整体实力比较弱，还是有待进一步发展的。但就这两所学校而言，澳门大学的名声可能更大一点吧。