南京的高等教育资源主要集中在大学城，一些历史悠久的大学虽仍保有原址，但主要校区已搬迁。栖霞区的仙林大学城汇集了南京大学、南京师范大学、南京邮电大学、南京中医药大学、南京财经大学等知名学府。

江宁区则以东南大学、南京航空航天大学、河海大学、中国药科大学、南京医科大学为特色。浦口区的南京工业大学、南京信息工程大学、南京审计大学、南京农业大学等院校，同样在区域内占有一席之地。

此外，南京理工大学、南京林业大学、南京艺术学院等虽不在传统大学城内，但其影响力和教育质量依然不容小觑，不过数量已经相对较少。