校企合作本科是指由高校与企业共同培养人才的一种高等教育形式，这类本科教育通常位于三本序列，属于全日制教育范畴。相比之下，自考本科属于国民教育系列，归属于成人教育序列。

费用方面，校企合作本科的教育成本相对较高，三本院校的学费大约从每年9000元起步。而自考本科的费用则相对较低，正常考试只需要为每个科目支付约15元左右的考试费，再加上必要的书费。

在认可度上，校企合作本科在事业单位和公务员的招聘中具有优势。作为全日制教育，校企合作本科毕业生在考试资格和就业机会上通常享有一定优势，社会认可度相对较高。而自考本科毕业生在参与事业单位和公务员招聘时，可能面临一些限制，尤其是在某些地区，只接受全日制学历的报名。