上海海军军医大学的教育体系涵盖了多个专业领域，设有训练部、政治部、校务部、科研部和研究生院等五大管理机构。这些部门共同支撑起学校的日常运作和学术研究。学校下设多个教学单位，包括基础医学部、海洋军事医学院、药学院、卫生勤务学系、护理学院、心理与精神卫生学系、热带医学与公共卫生学系、中医系、外训系、继续教育学院、研究生管理大队、干部轮训大队和学员旅。此外，学校还拥有多家附属医院，如长海医院、长征医院和东方肝胆外科医院。

在专业设置上，海军医学系、卫生勤务学系和中医系这三个系是全军唯一的专业系，彰显了其在军事医学领域的独特地位。外训系则承担着全军唯一的医学留学生培养任务。学校开设了一系列本科专业，包括临床医学（八年制）和（五年制）、中医学（八年制）和（五年制）、麻醉学（五年制）、药学、中药学、医学心理学、公共事业管理和生物技术等。这些专业不仅为学生提供了全面的医学知识和技能，也为他们未来的职业发展奠定了坚实的基础。

学校的教学资源丰富，拥有先进的实验室和临床培训基地，为学生提供了实践操作的机会。同时，学校还注重科研能力的培养，鼓励学生参与各类科研项目，提升科研水平。通过这些努力，上海海军军医大学致力于培养出既有扎实理论基础，又有丰富实践经验的高素质医学人才。