下设三大机构，分别是党政管理机构、教学部门和辅助部门。

其中，党政管理机构下面又设置了20个部门，如党政办公室、组织部（党校、机关党委）、宣传部、统战部等；教学部门下面又设置了各大学院，如外国语学院、文学院和马克思主义学院等；辅助部门则包括图书馆、学报编辑部、网络中心以及民族历史文献中心。

呼伦贝尔学院位于中国最美草原、中国最佳民族风情魅力城市—内蒙古自治区呼伦贝尔市。其前身是始建于 1958年的呼伦贝尔大学，1977年恢复本专科招生。1992年，呼伦贝尔盟教育学院、内蒙古广播电视大学呼伦贝尔盟分校、呼伦贝尔管理干部学院、海拉尔师范专科学校合并，重新组建成立呼伦贝尔大学。