南京莫愁中等专业学校提供多种专业教育，包括五年制高职（大专）和三年制中专两大层次。学校的专业设置广泛，涵盖了医药、信息技术、艺术设计、工程技术等多个领域。

在医药领域，学校开设了药物制剂技术与药品质量检测技术专业，培养具备药物生产、检测及管理技能的专业人才。在工程技术方面，学校设有机电技术应用和电子与信息技术专业，注重学生的实践能力和创新思维的培养。

信息技术专业的课程内容丰富，包括计算机应用技术与动漫设计与制作等方向。学生可以掌握计算机软件开发、网页设计、动画制作等技能，满足市场对信息技术人才的需求。

学校还开设了古籍修复专业，致力于传承和保护文化遗产。此外，学校还提供了电子商务、酒店服务与管理、电脑美术设计以及连锁经营与管理等专业，旨在培养具备现代服务业和企业管理能力的专业人才。

通过多样化的专业设置，南京莫愁中等专业学校为学生提供了广阔的发展空间，帮助他们实现职业规划和个人成长。