南京的研究所包括：

1. 南京大学研究所

2. 中国科学院南京分院及其各研究所

3. 南京航空航天大学研究所

1. 南京大学研究所：

南京大学，作为国内的重点大学之一，拥有众多优秀的科研团队和先进的研究设备。其研究所涵盖了各个领域，如物理、化学、材料科学、计算机科学等。这些研究所不仅为本科生和研究生提供了丰富的科研资源，还为社会输送了大量的科研人才。

2. 中国科学院南京分院及其各研究所：

中国科学院南京分院是中国科学院在东部地区的重要分支机构，拥有多个高水平的研究所，如南京地质古生物研究所、南京土壤研究所等。这些研究所在地质、生物、环境等领域取得了许多重要的科研成果。

3. 南京航空航天大学研究所：

南京航空航天大学在航空航天领域有着极高的声誉，其研究所也因此在相关领域内具有很高的影响力。这些研究所不仅涉及航空航天的基础研究，还涉及到一些前沿技术研究和应用。此外，南京航空航天大学还与多家企业和研究机构建立了合作关系，共同推进科技创新和研发工作。

除了上述的几个研究所外，南京还有其他许多优秀的研究机构，如南京医科大学研究所等。这些研究机构在各自的领域内都有着卓越的科研成果和影响力。