重庆北碚区共有三所大学。西南大学作为一所公办的本科大学，同时也是211工程高校，位于北碚城区内，占地面积达8270亩，是重庆地区规模较大的大学之一。重庆地铁6号线穿越西南大学，并设有西南大学站，为师生提供了便利的交通条件。西南大学不仅环境优美，还是一所著名的花园式大学，绿化覆盖率高达40%。目前在校学生总数超过五万人，其中普通本科生近四万人，硕士及博士研究生近一万三千人，留学生近两千人。

重庆师范大学在北碚区也有校区，该校区占地面积仅170亩。学校全日制普通本专科在校生人数约为两千人，另有成人教育自考学生约一千人。

重庆青年职业技术学院则是一所公办的专科院校，位于北碚区的歇马街道，而非城区核心。这所学院是全国团干部教育培训基地，前身是成立于五十年代的重庆市团校，于2006年转型为普通高等院校。该学院另外一个校区位于巴南。目前在校生人数超过一万人，开设了二十九个专业。