要看具体情况。

被对方国家拒绝入境而被遣返的（如未持签证、旅费不足、未持回程机票等），边防检查机关不会扣留你的护照，也就不存在不予签发护照的情形。

在国外逾期居留被遣返主要看你有没有主观故意了，有的人是因为记错了时间或错误解读了签证上的停留期限等，一般这种情况边防检查机关也不会作出处罚。但是对于恶意非法居留和非法务工被有关国家查获遣返的，边防检查机关就有可能扣留证件并通知当事人户籍地的出入境管理部门，这种情况下，当事人户籍地公安机关可能会作出六个月至三年以内不予签发护照的决定。个案处理，并没有特别统一的标准。