最顺的是 を ，表示：公园是小河流动的区域

小さい川が公园の中（　を ）流れています。

に 表示方向，目标，对象

比如：小さい川が公园（に）流れています。

　　 小河朝着公园流动

で 表示动作的地点

比如：公园で体操やっています。

　　　公园で犬连れて散歩しています。

※小さい川が公园の中（で）流れています

也不是完全没人这么说，但是很少，感觉也没有第一句顺当。