昌吉学院作为一所多学科协调发展的本科院校，专业设置丰富多样。涵盖人文学科、理工学科、教育学科和艺术学科，满足了不同学生的学习需求。在人文学科领域，学院提供汉语言文学、历史学和经济学等专业，培养具有深厚文化底蕴的人才。理工学科方面，计算机科学与技术、化学工程与工艺和电气工程及其自动化等专业，为学生提供科技领域的深造机会。教育学科下设教育技术学、学前教育和特殊教育等专业方向，旨在培养未来教育领域的领军人物。艺术学科则涵盖了音乐、舞蹈和美术等多个领域，培养学生在艺术道路上的特长与才能。