从20世纪90年代中期开始，孔飞力把海外华人移民史作为自己的研究新重点。海外移民史的研究，使他得以把中国历史与世界历史的考察融为一体，在更开阔的视野下审视中国历史和中国人，探讨海外华人与祖国、与住在国的复杂关系及其身份认同、历史与现实遭际、华人社会的社会结构与文化心态等问题。他认为海外华人史是中国近代史的一部分，研究海外华人，可以了解中国人移民海外的过程，他们为什么会离开国家去移民，他们在海外的经历怎样、怎么发财？或者成功，或者失败。还有，别的民族为什么有的时候会欺负华人，有什么历史缘故？海外华人和当地的居民、政府有什么样的关系？这些关系又怎么影响到他们的前途？内容很多，它涉及人类学、经济学、政治学、社会学、宗教学以及民族学和国际关系等等，所有这些学科都构成海外华人研究的一部分。

1993-1994年，孔飞力在哈佛开设海外华人课程的。孔飞力认为中国文化使中国移民形成几个很有价值的特点，一个是家庭制度，一个是商业化，中国早期商业化的历史和移民的历史关系很密切。还有一个特点是在海外维持中国文化，这也是非常普遍的现象。中国移民在海外，它的融合过程，事实上很慢。中国人在泰国融合得比较成功，可是很多泰国的华人家庭仍然维持他们原来的中国姓，他们的个人行为和信仰都是非常中国化的，具有很浓厚的中国传统文化的特征。

孔飞力认为，要理解海外移民史，必须将中国漫长的国内移民史作为基本的背景，海外移民史只不过是整个移民进程的一个特例。孔飞力十分强调将海外华人移民史与中国历史本身联系起来考虑，海外移民史的根在中国。这是孔飞力研究海外华人移民史的一个基本出发点和立场。

孔飞力形象地将中国比作一所海外移民的学校。他所谓的“移民学校”，是指中国东南沿海的一些著名商业城市，如厦门、广州等。孔飞力认为它们是向海外移民的“中转站”。海外移民在国内这所“移民学校”获得的是“历史资本”，即一个特定历史时期获得的历史经验，而不是“文化资本”。

孔飞力在中国社会史、政治史的研究中，历来十分注重研究绅士——社会精英在社会中的地位和作用问题。在海外移民史问题上，他仍然关注社会精英这一群体的作用。当然，在海外华人社会这一特殊群体中，社会精英不再是拥有功名的文人绅士，而是来自各个方言集团和区域集团的华商。孔飞力认为主要有两种方式，使海外华人精英获得其领袖地位的认同。一是，通过强调“祖国”意识来超越方言的、区域集团的界限。二是，通过捐款给慈善事业和教育。获得当局向他们颁发各种头衔。海外华人社会精英追求身份认证的结果，就是泛华运动(pan-Chinese movement)的兴起。

孔飞力深刻总结了泛华运动的双重后果。从积极方面讲，泛华运动造就了一批杰出的具有社团甚至地区影响力的华人领袖，如陈嘉庚。但从消极方面看，泛华运动又付出了痛苦的代价，“祖国”作为一个民族—国家而不是社会—文化认同的象征符号，使得华人在新加坡这个被其领导人称为多元种族的国家里以及其他南洋国家中倍受排挤。在东南亚，“华侨”一词至今仍具敏感性，他们与祖国的政治、经济、文化联系，常为排华运动之口实。