当工程未能按照既定期限完成并通过验收，可能是因为发包人存在一些责任问题。具体来说，如果存在以下情况，可以视为发包人责任导致的延期：

发包人提供的设计文件和施工图纸存在问题，影响了工程进度。

发包人提供的工程设备或材料存在缺陷，对施工造成阻碍。

发包人将工程肢解分包，导致分包单位的质量不符合标准。

发包人指定的分包单位工程质量不合格，影响整体工程的完成。

在这种情况下，即使承包人已经提交了竣工验收报告，但若在90天后验收未能通过，那么工程将自动进入所谓的“缺陷责任期”。这个阶段是承包商对工程中存在的问题负责修复的时间段，直到这些问题得到妥善处理，验收合格为止。