工程款支付申请单内容涉及多个阶段的工程款申请，包括预付款、进度款、竣工结算款、变更费用、索赔费用以及合同内外其他款项。具体而言，申请单需涵盖以下内容：

首先，对于工程预付款支付申请，需详细说明施工合同中的相关条款，确保预付款的合理性和合法性。

其次，在申请工程进度款支付时，需提供已核准的工程量清单、监理工程师的审核报告以及款额计算等相关资料，以确保支付的准确性和公平性。

在申请工程竣工结算款支付时，工程竣工结算资料和竣工结算协议书是关键组成部分，以确保支付与工程实际完成情况相符。

对于申请工程变更费用支付，工程变更单及相关资料的提供至关重要，这有助于准确计算变更带来的额外费用。

在申请索赔费用支付时，费用索赔审批表及相关资料的提交是必要的，以证明索赔的合理性和合法性。

最后，合同内项目及合同外项目其他应附的付款凭证，确保所有支付依据的合法性与完整性。

综上所述，工程款支付申请单的编写需详细、准确地记录相关支付依据，以确保工程款的合理分配，保障双方权益。