单位在性质、资金来源和运营方式上存在一定差异。

一、财政拨款事业单位

财政拨款事业单位是指由国家或地方政府全额或主要负担经费的事业单位。这类单位通常承担着重要的社会职能，如教育、科研、文化、卫生等领域。财政拨款事业单位的经费主要来源于国家财政拨款，用于支持其日常运营和发展。这些单位在人事管理、预算编制、资产管理等方面受到严格的制度约束和监管。

二、全额事业单位

全额事业单位是指经费全部由国家财政拨款的事业单位。这类单位在性质上与财政拨款事业单位相似，但在资金来源和管理上更为严格。全额事业单位的经费完全依赖于国家财政拨款，没有其他的经费来源。因此，这类单位在运营过程中受到更为严格的预算管理和资金使用规定。全额事业单位在承担社会职能的同时，也注重提高服务质量和效率，以满足社会需求和公众利益。

三、两者的区别与联系

财政拨款事业单位和全额事业单位在资金来源上有所区别。财政拨款事业单位除了国家财政拨款外，还可能存在其他经费来源，如社会捐赠、服务收费等。而全额事业单位则完全依赖国家财政拨款。然而，两者在性质、职能和运营方式上具有一定的相似性，都是承担重要社会职能的公益性单位，并受到国家相关制度的严格约束和监管。

综上所述：

财政拨款事业单位和全额事业单位都是承担重要社会职能的事业单位，但在资金来源、经费管理和运营方式上存在差异。财政拨款事业单位可能存在其他经费来源，而全额事业单位则完全依赖国家财政拨款。两者在运营过程中都受到严格的制度约束和监管，以确保其社会职能的有效履行。

法律依据：

《中华人民共和国预算法》

第二十八条规定：

各级预算应当根据年度经济社会发展目标、国家宏观调控总体要求和跨年度预算平衡的需要，参考上一年预算执行情况、有关支出绩效评价结果和本年度收支预测，按照规定程序征求各方面意见后进行编制。

《事业单位财务规则》

第三条规定：

事业单位财务管理的基本原则是：执行国家有关法律、法规和财务规章制度；坚持勤俭办事业的方针；正确处理事业发展需要和资金供给的关系，社会效益和经济效益的关系，国家、单位和个人三者利益的关系。