落实主体责任存在的问题主要包括责任不明确、执行不力、监管缺失和考核机制不完善等。为了解决这些问题，需要采取一系列整改措施，如明确责任分工、加强执行力度、强化监管机制和完善考核体系等。

首先，责任不明确是落实主体责任过程中的一个常见问题。这通常表现为各部门或个人之间职责划分不清，导致在实际工作中出现推诿扯皮的现象。为了解决这个问题，需要明确各级各部门和个人的具体职责，确保每个责任主体都清楚自己的责任范围和工作目标。例如，在企业内部，可以通过制定详细的工作职责说明书，明确各部门和员工的职责边界和工作要求。

其次，执行不力也是落实主体责任过程中的一个突出问题。这主要表现为一些责任主体在执行政策、法规或规章制度时力度不够，导致相关政策法规未能得到有效实施。为了加强执行力度，需要建立健全的激励和约束机制，对执行不力的责任主体进行问责和惩戒。同时，还可以通过加强培训和教育，提高责任主体的执行能力和责任意识。

再者，监管缺失也是导致主体责任落实不到位的一个重要原因。这主要表现为监管部门对责任主体的监管力度不够，导致一些违法违规行为得不到及时纠正。为了强化监管机制，需要加大对责任主体的监管力度，建立健全的监管制度和体系，确保各项监管措施得到有效实施。例如，在食品安全领域，可以通过加强日常巡查和抽检频次，及时发现和处置食品安全问题。

最后，考核机制不完善也是影响主体责任落实的一个重要因素。这主要表现为对责任主体的考核标准不明确、考核方式单一等问题，导致考核结果不能真实反映责任主体的实际工作情况。为了完善考核体系，需要建立科学合理的考核指标体系，明确各项考核指标的权重和评分标准。同时，还可以采用多种考核方式相结合的方法，如定性考核与定量考核相结合、平时考核与年终考核相结合等，确保考核结果更加客观公正。