广州市民防办公室下辖多个直属单位，每个单位都有明确的职能和内设机构，共同为广州市民防事业贡献力量。其中，一○一工程管理处主要负责指挥所及配套工程的建设、维护和战时使用协调保障工作，内设办公室和技术科。人防工程质量监督站则涉及人防地面应急指挥中心及机关办公大楼管理、环境绿化、公务用车、警报车队管理、机关后勤及服务性工作，同时监督、检查人防工程的生产经营活动，并负责管理和维护市人防办直接管理的人防工程和城市公用人防工程，内设办公室、平管部、机关服务部、司机班。民防指挥信息保障中心承担着民防信息化建设、科研开发、设备设施维护管理、战备值班执勤和演练保障任务，执行各级组织指挥防空袭斗争信息保障任务，内设综合科、信息科、通信警报科、研发科。广州市人防项目建设中心管理维护人防工事，内设办公室、财务部、项目开发部、经营维护部。最后，坑道管理所负责“九号工程”的平时建设、维护、管理和安全保密工作，以及应急抢险抢修方案的拟订，内设人事文秘部、工程计划部、财务部、工程管理部、办公室、资产管理部。