在工程设计过程中，当遇到需要变更的情况，操作流程如下：

首先，设计人员如果发现设计问题，会提交一份设计变更单。这一变更单的金额必须严格遵守国家规定的上限。变更单会被递交给业主项目部，其流程如下：变更单会先由监理进行审查并签字，接着项目部主管签字，然后传递给施工单位进行签字确认。如果项目中有业主工程师，他们通常会在项目部签字之前完成这一环节。

另外，如果项目部、监理或施工单位需要对设计进行非设计原因的修改，比如材料替代或采用新的方案，会通过设计修改联系单进行。提出方需要编制联系单，设计人员会根据技术可行性进行审核并签字。接着，联系单需经过项目部监理和主管的签字，最后由施工单位确认并执行。

重要的是，每张变更单的金额限制都是国家明确规定的，如果金额超出限额，可能意味着设计存在问题，需要进行重新审查并以正式的修改图纸形式发布。