双元村当前面临的主要挑战包括：基础设施建设严重滞后，发展不均衡，需要大力加强以改善整体环境和平衡发展。村民的科技意识普遍较弱，整体素质有待提高，科技创新和进取精神的培养是当务之急。经济发展缓慢，人多地少的问题突出，科技推广面临困难，需要打破小富即安的思想，激发创新活力。经济结构不合理，财源单一，财政增收面临压力，需寻求多元化的财源。农业产业化程度不高，亟需提升农业现代化水平和产业链条。农业发展资金筹集困难，资金支持是关键。

未来的发展策略和重点将是：以科学发展观为指导，推行“多予、少取、放活”的策略，致力于实现“生产发展、生活宽裕、乡风文明、村容整洁、管理民主”的目标。基础设施建设将是首要任务，旨在提升村里的基础条件和生活品质。产业结构将大力调整，特别是将聚焦林果业和养殖业，推动万元增收目标的实现。农民素质的提升是必不可少的环节，通过教育和培训，提升他们的科技技能和市场意识。将培育壮大畜牧、林果和劳务输出三大支柱产业，推动农村经济多元化发展。同时推进“三村四化”新农村建设，致力于现代化农村生活的建设。最后，将法治和精神文明建设同步进行，以实现农业增效、农民增收和农村全面进步。