云南省公路路政管理总队内部机构职责明确，分工细致，各司其职，旨在实现公路路政管理的高效、有序运行。

办公室负责文秘、档案、信访、机要、政务信息、督办和路政电子政务工作，以及基建、安全生产、车辆统筹、节能减排，对外综合协调和内外接待工作，组织协调总队机关工作，负责本级机关的后勤保障工作。

政治处负责党的建设、干部管理、纪检监察、党委日常工作、老干部工作，包括机构设置、人事调配、劳动工资、人事档案、宣传教育、表彰奖励，外事侨务、培训工作，党风廉政、综治维稳、精神文明工作，以及对工、青、妇工作的协调、指导。

资财处负责拟定路政系统财务、会计和资产管理制度并组织实施，预算决算、政府采购及资产管理工作，路政行政事业性收费和罚没收入的票证、收入实施监督管理，路政服装、交通工具、信息网络设备等装备的配备工作，以及路政系统内部审计工作和总队机关财务工作。

路产管理处负责指导、检查、监督全省相关路政业务工作，维护公路路产路权，承办路政许可事宜，组织路政巡查，依法查处各种违反路政管理法律、法规、规章的案件，管理公路两侧建筑控制区，负责在建公路和公路养护的保通工作，参与公路建设和公路附属设施的规划及重点公路工程交工、竣工验收工作。

超限运输管理处负责组织、指导、协调全省治理超限运输工作的开展，协调全省道路大型物件运输的组织与管理工作，全省治超站点的规划、建设、管理，重大超限运输案件的查处工作。

科技处负责管理和指导全省路政科技工作，组织省级路政科技项目的研究、建设及推广应用工作，建立、管理和维护“云南路政”网站和治超信息网络，建立、管理和维护全省公路通阻信息平台，负责全省路政信息系统的信息安全管理工作，负责网络中心和计算机的日常管理和运维管理工作。

执法监督处负责配合相关部门起草、制定路政管理的法规、规章、规范性文件，监督和纠正路政队伍的风纪，路政法律、法规、政策的宣传并提供咨询服务，组织参与行政复议工作，执法证件的管理工作，负责路政巡查、路政案件的监督检查，受理调查处理路政执法工作中出现的各类投诉、举报，负责全省车辆通行费的监督检查工作。

指挥管理中心负责云南省公路路政管理总队路政业务管理系统的维护、监督，云南省公路路政管理总队总值班室工作，云南省公路路政道路阻断信息的报送工作，云南省公路路政管理总队政策法规宣传、政务信息公开、接受举报和监督等门户网站的管理和维护，云南省公路道路突发安全事故应急处理、公路重大自然灾害应急处理、云南省通行费收费站监督及公路阻断应急处理，配合政府、部队的相关军事行动和重要活动的应急指挥。