工程结算依据的确定是项目管理中的重要环节。通常情况下，投标清单在工程结算中占据主导地位。在招标过程中，甲方会基于设计图纸提供工程量清单，这作为报价的基础。乙方则依据该清单制定施工预算，并据此报价。一旦乙方被确定为施工单位，双方将根据投标价格签订施工合同，投标价格成为合同基价。

然而，实际情况往往复杂多变。在施工过程中，如果出现工程范围、质量标准、工程费用或工期等方面的差异，司法上规定可以以招标文件为依据，但这并不适用于所有权益义务的规定。例如，当实际工程量与清单工程量有显著差异，尤其是增加或减少超过合同约定比例（通常为10%）时，可能需要按照合同约定的方法调整超出这个比例范围的工程量的综合单价。

因此，工程结算依据主要以投标清单为准，但在特定情况下，合同条款的明确规定或实际工程情况与投标清单有显著差异时，需要参考合同内容进行调整。这要求承包人和发包人仔细阅读合同条款，以确保结算过程的合法性和公正性。在必要时，寻求法律专家的建议是非常有必要的。

在实际操作中，双方应加强沟通，确保所有变更和调整都符合合同规定。同时，建议在合同中明确各方的权利和义务，减少争议的发生。通过明确的合同条款和专业的法律指导，可以有效保障工程结算过程的顺利进行。