1、政府各部门和各级政府责任不明确和责任不到位

　　政府在公立医院管理方面有二大职能：一是行政管理职能，包括资源和技术准入、规范医疗行为和质量、在医疗质量、安全、服务、财务管理等方面的医疗监管；二是“所有者”(政府是国有资产所有者的代表)职能，即对国有资产负有责任(保证国有资产安全、有效利用国有资产等)，更重要的是通过在机构发展、资源配置、服务提供和利润使用等方面的重大决策权力以及作为所有者的监管职能实现政府举办公立医院的目的。长期以来，政府主要通过行政手段管理医院，但“所有者”职责基本缺位。政府在很大程度上“放弃”了“所有者”的权力，对医院发展、资源配置和利润使用等重大决策以及资产监管等方面基本处于“放任”状态，医院院长既拥有“所有者”的权力也拥有经营权，且权力的使用缺乏制衡。

　　2、政府部门多头管理，管理职权分散

　　在公立医院的管理上存在着多头办、多头管的问题。在监管方面，卫生、药监、物价、财政等部门各有职能；在举办方面，卫生、教育、财政、组织、人事和劳动等部门多头负责。“所有权”、管理权、监督权等管理职权分散在多个部门，且权责不清，不仅管理成本高，而且是政府很多职能缺位的重要原因。由于政府相关部门之间缺乏有效的沟通、协调及合作，严重影响到对公立医院的管理效果。

　　3、政府“政事”和“管办”职责划分不清晰

　　一是政事没有完全分开，公立医院的用人权、分配权等归属政府有关部门，形成政府对部分经营决策权的直接干预。二是管办职能划分不清晰。作为“所有者”本应从国有资产使用的角度监管公立医院是否有效使用国有资产使公共服务最大化以及是否按照“所有者”的决定运营医院。作为行政管理部门，不仅要在医疗质量、安全、服务、财务管理等方面实施监管，而且也应对“所有者”的权力使用进行监管，目的是从社会的角度约束相关权力的使用，以实现为居民提供安全、有效、方便、价廉的基本医疗服务以及承担相关社会责任的目标。但是，由于哪个政府部门是举办者不明确，因而监管者和监管对象也不是很明确，结果导致监管责任不清，有效的监管机制难以建立，监管职责不到位。

　　4、政府与公立医院之间的责权不清晰

　　由于政府角色不清，政府各部门和各级政府“所有者”责任不明确、职能不到位，导致政府与公立医院院长之间的责权不清晰。政府作为“所有者”，该管什么、不该管什么？相应地，公立医院院长应该具有哪些权力、责任与义务等问题都不是很明确。政府与公立医院之间以资本为纽带的出资人与医院的产权关系严重弱化。政府对公立医院在行政上表现为“超强”控制，而在产权上是“超弱”控制。而医院院长通常会出于自身经济利益的考虑采取相应行为，利用政府产权的“超弱”控制形成了事实上的内部人控制来谋取自身的利益，同时又利用政府行政上的“超强”控制转嫁自己的风险。

　　5、各级政府举办公立医院的责任主体不清晰

　　在分级财政体制下，通常由各级政府负责本级公立医院的相关投入。但是，各级政府的角色和职能不清，是否负责本级公立医院投入的一级政府就是该级公立医院的举办主体还是上一级政府？举办各级公立医院的责任主体不甚明确。此外，各级政府财力不同，在医疗资源方面的投入力度不同，不仅影响到基层政府的举办力度，而且作为行业主管部门的市卫生局，只能通过区域卫生规划和资源准入的审批调控“多余”的资源(超出配置标准或不在规划范围内的不能够进入)，但整体调控力度不强，中央政府对地方政府举办公立医院的行为就更是缺乏有效调控。