内部审计与被审计单位在关系处理上的矛盾无非就几点

1、被审计单位认为内审人员不专业或者不了解业务。

2、公司利益和个人利益或工作上的冲突。

3、审计人员没有站在被审计单位的实际业务上考虑问题。

4、标准模糊。

5、被审计单位的出发点是抓问题而不是协助解决问题，提高经营。

6、审计人员的沟通能力、态度问题。

处理这些需要具备很多方面的素质，例如熟悉业务、客观的看法、审计定位、标准的引用、审计人员的职业素养等。