化会计信息系统内部控制方法如下：

1.企业应当建立完善的内控管理制度、岗位职责和操作规范，防止会计人员之间互换口令，越权操作，明确每个人的权利和职责。将监控和操作分离，实现系统内部的有效牵制。

建立数据保护机构，在调用机密文件时启用多层身份认证，如口令控制，指纹识别，面容识别等，提高安全防范能力，确保网络系统的可靠运行。

2.企业应重点加强对信息输入、处理、输出的控制和管理，以保证数据的合法性和正确性，防止信息失真。数据在输入前都要经过校验，输入时应适当分工，输入后进行必要的校验。

使用无法复制的电子签章，认真做好核心数据的备份。对于信息流普遍将采用加密技术，防止道德风险。

会计资料的保管采用多种形式的会计数据备份策略，既要保存在光盘、磁盘等光电介质中，又要按规定打印输出，便于日后查询和故障恢复需要。

3.提高网络系统的安全防范能力，采取防火墙技术，将病毒和非法访问者挡在内部网之外，保护好内部信息，同时对信息普遍采用数据加密技术，防止数据在传输过程中被泄密。

对整个财务网络系统的各个层次都应采取安全防范措施和规则方面的技术，建立综合的多层次的安全体系。同时还应加强计算机硬件和软件方面的安全和保护，进行定期的检查和维护。只有具备高素质、高技术复合型人才的支持才能保证网络会计的广泛应用和发展。