在生态安全评价中，评价指标基准值选取的依据一般如下:

(1)国家、行业和地方规定的标准:国家标准是指国家已发布的环境质量标准，如农药安全使用标准(GB4285—89)、粮食卫生标准(GB2715—81)、地面水环境质量标准(GB3838—88)等。行业标准是指行业发布的环境评价规范、规定、设计要求等。另外，地方政府颁布的水土流失防治要求、化肥农药使用标准等，亦可作为评价基准值的依据。

(2)环境背景基准:以工作区域生态环境背景值或本底值作为评价基准，如区域森林覆盖率、水土流失本底值、生物生产量和生物多样性等。

(3)类比基准:以未受人类严重干扰的相似地区，或类似条件的生态因子和功能作为类比基准，如以生态环境条件类似，且生态安全度高的自然保护区或风景区内生态因子作为类比基准。类比基准须根据评价内容和要求科学地选取。

(4)通过科学研究已判定的生态效应:通过当地或相似条件下科学研究已判定的指标体系，如保障生态安全的绿化率要求、污染物在生物体内的最高允许量，敏感与濒危生物对环境质量的要求等，均可作为评价的基准或参考基准应用。