高中生毕业档案中填写特长时，可以从以下几个方面进行思考：

首先，学术方面，可以填写数学、物理、写作、计算机编程等领域的特殊才能。

其次，体育方面，若擅长某项运动，且曾获得比赛奖项，或者担任过班级队长或校队队员，也可以作为特长填写。

此外，社会实践方面，参加志愿者活动、社会实践、研究课题或主持过学校或社区活动等经历，也值得在特长一栏中突出。

艺术方面，音乐、舞蹈、绘画、书法等领域的专长，以及相关领域的奖项或表演经验，同样可以作为特长填写。

语言方面，如果擅长某种外语，能够进行流利的口语交流，或在国际性比赛中获得奖项，也是值得考虑的特长。

在填写特长时，需注意突出自己的优势，避免夸大其词或虚夸，确保所填写的特长与实际情况相符，并准备相关证明材料，如获奖证书、证明信等。