农业大学的土木工程系隶属于中国农业大学水利与土木工程学院。该学院成立于1994年9月，前身可追溯到1958年秋天成立的北京农业机械化学院农田水利系。在此之前，中国农业大学还曾有过两次水利科研教学实体的创办经历，一次是在1938年8月成立的国立北京大学农学院农业工学系，持续了8年；另一次是在1948年8月成立的华北大学农学院农业机械系水利组，持续了3年，直至1949年9月改名为北京农业大学农业机械系水利组。

中国农业大学水利与土木工程学院目前设有水利工程系、农业建筑与环境工程系、流体机械与流体工程系、土木工程系等四个系。此外，还有设施农业重点实验室、中-以国际农业培训中心、农业节水与水资源教育部工程研究中心、中国农业水问题研究中心、农业部作物高效用水试验站、农业部沼气质量测试中心等六个科研实体。学院提供农业水利工程、水利水电工程、农业建筑环境与能源工程、热能与动力工程、土木工程等五个本科专业，以及农业生物环境与能源工程、农业水土工程、水文学及水资源、水土保持与荒漠化防治、结构工程、流体机械及工程、水利工程、城市规划与设计、动力工程与工程热物理、土木工程等十一个硕士学位点，还有农业生物环境与能源工程、农业水土工程、水文学及水资源、水土保持与荒漠化防治、水动力学与水力机械、水利工程等六个博士学位点。

学院内拥有农业生物环境与能源工程和农业水土工程两个国家重点学科，水文学及水资源学科为北京市重点学科。学院现有中国工程院院士1名，教授28人，副教授47人。