成立之初，称为省移民办、省移民局，直属原省人民委员会，以后随着丹江口水库移民大搬迁结束，在一个较长的时间里，改为一个处，隶属省民政厅，对外则以省移民办的名义协调水库移民方面的工作。1993年三峡工程动工以后，省委、省政府高度重视移民工作，决定在原民政厅移民处的基础上组建湖北省三峡工程移民开发局，同时挂湖北省移民开发局的牌子，其机构性质为依照公务员管理、具有行政职能的副厅级事业单位，为省财政全额拨款。作为三峡工程移民局，对口国务院三峡工程建设委员会有关部门，负责我省三峡工程坝区、库区移民工作，作为湖北省移民局，对口水利部、国务院南水北调工程建设委员会、国家计委等，负责部管大型水库移民工作。2002年11月，省委、省政府为加强对移民工作的领导，决定将省移民局由省民政厅管理调整为省政府直属。2006年5月省委、省政府决定，将省移民局升为省政府直属正厅级事业单位，原由省水利厅、省发改委等部门承担的中小水库87.7万移民管理工作职能交由省移民局统一管理。