根据我所了解的信息，日本签证申请一般需要提供银行流水作为资金证明。虽然银行流水多可以作为资金证明的一种方式，但是如果银行流水上没有余额，这可能会影响签证官对你的财务状况的评估。

在申请日本签证时，你可能会被要求提供存款证明，以证明你拥有足够的资金来支付旅行费用。如果银行流水上没有余额，你可以尝试提供其他形式的资金证明，例如：

1. 工资单或税单：提供最近六个月的工资单或税单可以证明你的稳定收入和财务状况。

2. 房产证明：提供房产证明可以证明你的固定资产和财务状况。

3. 车辆证明：提供车辆证明可以证明你的固定资产和财务状况。

如果其他条件符合要求，银行流水没有余额可能不会导致你的签证申请被拒绝。但是，如果签证官认为你的财务状况不足以证明你有足够的资金来支付旅行费用，可能会影响你的签证结果。因此，建议你在准备签证申请时，提供尽可能多的资金证明来证明你的财务状况。

需要注意的是，以上信息仅供参考，具体要求可能因个人情况或签证类型而有所不同。如果你有签证申请的需求，建议你咨询日本驻你所在地区的使领馆或官方网站上的相关信息，以确保准备的材料符合要求。