针对您的问题，当持有中国护照及澳洲永久居民身份（PR）的人士，计划从香港飞往台湾时，需要准备以下证件：

首先，您需在澳洲境内办理好入台证。确保在前往台湾前，已取得有效的入台证，这是必要的通关文件。

其次，从中国大陆前往香港时，切记不可直接表明目的地为台湾，而应告知工作人员您的最终目的地为澳洲。香港与台湾之间的航班通常在行程中被视为一次转机，因此只需使用中国护照即可。

最后，从香港飞往台湾时，您将需要使用中国护照和已办理的入台证。确保这两项文件均在有效期内，以顺利通过台湾的入境检查。

总结来说，您需在澳洲办理入台证，从中国大陆出发时需说明前往澳洲，然后使用中国护照及入台证完成香港与台湾之间的飞行。请确保所有文件的有效性，以确保顺畅的旅行体验。