牛顿不是在晚年才走向神学，他很早就开始接触神学了。只是牛顿因科学成就而得以名声大噪，所以给了人错觉。牛顿对神学的信仰还要从当时的社会现状，以及牛顿父母那里开始追溯。

牛顿的父母都是虔诚的基督徒，牛顿从小就家庭贫困，遇到任何危险，向上帝祷告在父母心目中是一种重要而有效的方式。父母遇事就祷告，再遇上几次惊险时刻，对此耳濡目染的牛顿自然对上帝深信不疑，成为一名名副其实的基督徒。最典型的就是牛顿早产却成活下来这件事，给了牛顿很大的触动。

牛顿大学时期的笔记中，也出现了祷告内容，可见牛顿在研究科学之前，他的信仰就是神学。

牛顿所在的时代，是一个神学横行的时代，那个时候的科学也是与神学挂钩的，甚至科学是神学的附属品。学过西方历史的都知道，宗教信仰曾经一度统领欧洲，可以说当时欧洲绝大多数人都信仰神学，牛顿只是其中之一罢了。

在信徒眼里，先有神学，后有科学，宗教建立了科学这一学科，科学的存在是为了追求神学的真谛。所以，除了牛顿外，当时很多研究科学的人都普遍认为他们是为了神学而学习科学，而不是把二者分割。

牛顿在科学上名声大噪对于他个人来说只是偶然的，他不过是为了心中对神学的信仰而恰巧在科学界封神。“相信科学，反对神学”也只是我们的想法而已，我们眼里的牛顿应该一直沉浸在科学中，但这并不是牛顿的追求。在经历科学上的成就以后，牛顿依然对神学坚持不懈进行研究，至于研究方式，可以是科学，也可以是迷信，对于牛顿来说没有区别。

所以，牛顿一直都在神学的怀抱，只是晚年不再用科学的方式去探索神学而已。