同济大学更好。

1、学科设置和研究方向：同济大学在工科领域的实力突出，土木工程、建筑科学领域的研究水平在国内外享有很高的声誉，而波恩大学在自然科学和医学领域有突出的研究成果，是在物理学和化学学科方面。

2、教学质量和师资力量：同济大学在教学质量和师资力量方面有着不俗的表现，同济大学拥有一批优秀的教授和研究人员，包括多位院士和杰出学者，而波恩大学也有一批优秀的教师和研究人员，包括多位诺贝尔奖得主和知名学者。