在德国农民战争失败之后，封建统治者对起义农民进行了残酷的报复。许多村庄被彻底摧毁，超过十万名农民在此次镇压中丧生。幸存的农民大多沦为农奴，重新陷入封建主的奴役之中。中产阶级的革命尝试半途而废，城市特权被诸侯剥夺，并且不得不向诸侯支付巨额赔款。此外，工商业的普遍衰落和德国的分裂状态加强了，资本主义的发展受到了严重阻碍。

从1525年革命中唯一受益的是诸侯。他们不仅趁机夺取了大量教产，加强了对比农民的压榨，而且还为了保护自己的利益，利用路德宗教改革的机会，在各自的领地内推行路德教派，建立新教教会，并成为教会首脑。这些利用路德新教作为加强政权工具的诸侯被称为新教诸侯。在萨克森选侯和普鲁士公爵的领地内，早在1525年就已经开始信仰路德新教。黑森伯爵领地内是在1526年，而不伦瑞克—吕纳堡则是在随后流行起路德教。路德为了建立路德教也积极活动。在1527至1529年间，路德在萨克森选侯领地内，随新选侯约翰巡视各地，并监督路德教派牧师的传教活动，同时禁止旧教徒进行礼拜。特别是1529年10月1日至3日，路德在玛尔堡与慈温利的公开辩论，产生了重大影响。路德将福音的基本观念总结为“14条”，这成为了路德派新教教义主张的重要基础。

路德后期宗教改革的特点是加强系统的教理建设和创建与整顿路德宗的教会。他发表了多篇重要著作，如1529年5月发表的《基督教信仰的纲要并说明》。《士马尔卡登信条》（1536年12月）和《论教会会议与教会》（1539年3月）是最有代表性的论著，详细阐述了路德派的教理和主张。《桌上谈》和路德翻译并修订的全部《圣经》的新版本，充分表达了路德对基督教和宗教改革的看法。路德晚年继续坚持与罗马教皇的斗争，直至他去世。

德皇以及天主教诸侯力图在德国全面恢复天主教会的统治，因此与新教诸侯展开了长期的斗争。1529年，德皇查理五世召开帝国议会，重申了1521年沃姆斯会议关于反对异端的禁令。在旧教诸侯结成“士瓦本联盟”之后，新教诸侯以萨克森选侯约翰和黑森伯爵菲力普为首，于1530年12月在萨克森境内的士马尔卡登小城聚会并组成对抗性的秘密同盟，即“士马尔卡登同盟”。由于路德派新教诸侯对斯拜尔会议提出抗议，他们被称为“抗议者”。此后，德国新、旧教诸侯之间以及诸侯与皇帝之间爆发了一段封建混战。新教诸侯最初遭遇挫折，但后来在法国国王的武力支持下，某些天主教诸侯与新教诸侯联合反对德皇，在1552年击败了德皇的军队。经过谈判，1555年9月25日，德皇与诸侯签订了“奥格斯堡宗教和约”。该和约规定了诸侯有权在其领地内决定本人及其臣民的宗教信仰，确立了“教随国定”的原则。新旧教享有平等地位，路德教的合法地位得到了确认。至此，路德派新教最终确立。

德国出现了两个诸侯集团，北部和东北部属于路德教诸侯集团，而南部和西南部属于天主教诸侯集团，德国的封建分裂局面加剧，并长期持续。因此，诸侯提出抗议，路德教也被称为抗议教。1531年，他们组成了士马卡登同盟，抵抗以皇帝为首的天主教诸侯武装，直到1555年双方才签订了奥格斯堡和约。该和约规定诸侯有权决定臣民的信仰，路德教在德国与天主教有平等地位，标志着路德教的确立。

尽管路德的宗教改革并不彻底，但在一定程度上满足了市民建立廉价教会的需求；路德教会首领的世俗化也符合了一些国家加强王权和使教会民族化的需求。一些北欧国家自上而下地实行了宗教改革，并改奉了路德教。1536年，丹麦国王实行了宗教改革，剥夺了天主教会的大量地产，转归国王所有，国王成为了教会的首领。1527年至1544年，瑞典国王也改奉了路德教，没收了天主教会的财产，直接管辖新教会。挪威国王在同一时期接受了路德教。路德教的确立和传播大大缩小了天主教的势力范围，对罗马教廷造成了沉重打击。