1、首先，需要向中国公安部门提交申请。在申请时，需要提供证件和材料，包括夫妻双方的身份证、结婚证、菲律宾人的护照等。

2、其次，公安部门会对申请进行审核。审核的内容包括申请人的身份、婚姻状况、在中国居住的时间等。审核通过，会颁发《外国人永久居留身份证》。

3、最后，要在中国上户口，还需要提供别的材料。要提供在中国合法就业的证明、房产证明等。是在农村地区，还需要提供村委会的证明。