1. 参政权利：日本籍赋予持有者选举权和被选举权，可以参与日本的政治活动，如投票选举或加入政党。而持有日本永久居留证的人则没有这些政治权利，不能参与选举或从政。

2. 回国待遇：对于持有日本籍的人，虽然可以享受中国对日本护照的免签政策，但停留期限仅为15天。长期在中国居住则需要申请签证。相比之下，持有日本永久居留证的人可以自由地在中国居住，无需签证。

3. 教育优惠：对于日本籍的子女，如果在日本接受高等教育，将无法享受日本大学针对外国学生的奖学金和学费减免政策。而持有永久居留证的子女，尽管在日本拥有永久居住权，但仍然被视为中国公民，可以享受日本大学对外国留学生的优惠政策。

综上所述，日本籍和日本永久居留证在参政权利、回国待遇和教育优惠方面存在显著差异。