1985年，运-12飞机取得了中国民航局颁发的第一个民用飞机型号合格证，翌年又取得该局颁发的第一个生产许可证。1986年11月14日6架运-12飞机成功外销斯里兰卡，开创我国民用飞机出口的先例。1987年，运-12飞机获国家重大技术装备优秀项目奖，1988年获国家科技进步一等奖。1987年，运-12飞机开始申请英国CAA(英国民用航空总局)适航证。英国民用航空总局对运-12飞机进行了两年的审查和试飞试验，于1990年6月20日向运-12颁发了CAA型号合格证。这是我国民用飞机第一次得到国际权威适航机构颁发的型号合格证，说明了运-12飞机的适航已达到了当前的国际标准。1995年3月26日“运-12”Ⅳ型飞机获得了美国联邦航空管理局FAA型号合格证。 这使得运-12成为中国唯一获得英、美适航认可的机种，为运-12的外销奠定了良好的基础。运-12还取得了新西兰、印尼的适航证书。在其巅峰时期(2000年6月前)，共有102架运-12飞机外销非洲、澳洲、南美洲、亚洲、北美洲的18个国家。据哈尔滨飞机制造公司称，只要达到150架的外销量，即可在运-12的研制生产中实现全面盈利。 但国内的事情往往不随市场规律发展。1984年，运-12已经成熟的投入了使用。但当时有人认为运-12采用加拿大发动机，不够国产化，不能用；另一方面有人认为国产的不如外国的好——虽然这是事实，而国家缺乏推进运-12进入国内市场的远见和措施。因此运-12在国内销售寥寥。哈飞被迫考虑到世界市场里寻找商机。结果哈飞用了用了11年的艰苦奋斗，获得了美国FAA适航证。这是巨大的成绩，但代价和教训同样巨大。更可悲的是，截止目前为止运-12仍然是唯一中国自有知识产权，而获得FAA认证的国产飞机。同时获得中国空域适航的外国飞机，却已达几十种。 2003年10月，中国航空科技工业股份有限公司表示，国家海洋局海监总队日前向这家公司旗下的哈飞航空股份公司采购一架直9直升机和一架运12海监型飞机，两架飞机将于年底交付使用。海监飞机是海监总队代表国家进行海洋综合管理，维护国家海洋权益的重要装备，其主要任务是对我国管辖海域实施巡航监视，与海监船舶实现海空配合、船机互动，达到有效监控我国管辖海域。国家海洋局曾于1987年购置两架运12型中国海监飞机，并进行了相应系统集成，使我国海洋管理上了一个新的台阶。十多年来，两架海监飞机充分发挥了机动灵活、快速反应、覆盖面广等优势，在海洋管理中发挥了重要作用，已构成我国海洋执法监察力量的重要组成部分。此次购机是国家海洋局海监总队第二次采购哈飞生产的运12飞机 。

2005年4月，哈尔滨航空工业集团表示，该集团制造生产的两架运-12IV已正式交付斐济国家航空公司，这是哈航集团该型号飞机首次出口国外。15年前，斐济曾购买了两架运-12IV，因为在艰苦环境下表现出优良的性能，并拥有优质的售后服务，受到斐济航空公司的信赖。运-12IV是在Y12(IV)型机的基础上改进的，起飞重量、载客、载重量都有所提高。2005年下半年，哈航集团还将向赞比亚出口五架运-12IV。

2008年，针对轻型运输机市场，哈尔滨飞机公司提出了运12F。该机的研制过程极大地提高了哈飞公司计算流体力学的应用水平。自中国的航空工业80年代早期开研制运12以来，该行业在按照西方客户标准研制民机方面取得了长足进步。运12F，作为一系列拟议或研制中的中国民机项目的一部分，充分展示了这种进步。中航二集团的专项是直升机和通用航空。旗下的哈尔滨飞机工业集团负责研制涡桨多用途运输机运12F，计划于2008年首飞。除了名字，该机和运12的早期型号其实关系不大。“2002年项目最初的时侯本来只打算在运12基础上进行改进，”项目总师黄岭才(音)说。“但是客户要求更大的航程，续航力和业载。所以我们决定从头重新设计。”和其他同级别飞机一样，该型号除可以作为19座支线客机或者轻型货机使用，还可以改装用于天气监视，航测航拍等。哈飞还演示了其军事用途。与该机大小类似的西方同类飞机是西班牙制造的EASA CASA C-212。但是运12F在航程上更胜一筹，并且飞得更快 。 作为运输机家族的佼佼者，运-12飞机受到国内外市场的高度关注。在2004年珠海航展上，中国航空技术进出口总公司与哈飞航空工业股份有限公司在珠海签订了20架Y12系列飞机收购合同.运-12系列飞机收购价为每架300万美元。

哈飞股份有关负责人表示，哈飞股份自行研制生产的轻型多用途固定翼截至2014年11月已经销往国内外多达120多架。

中国航空技术进出口总公司与哈飞股份有过近20年的合作历史，成功地把Y12飞机出口到巴基斯坦、柬埔寨、马来西亚、肯尼亚等二十多个国家和地区。创造了我国民机出口国家最多、销售量最大的业绩 。 2013年5月16日10时36分，来自飞龙航空公司一架编号为“B3801”执行人工增雨任务的“运12”轻型飞机，在辽宁省沈阳市浑南新区桃仙镇坠毁，3名机组人员受伤被送往医院 。