哈勒-维滕贝格大学的院系设置多样，涵盖了广泛的学术领域。学校设有神学院，为追求宗教哲学和神学知识的学生提供了丰富的学习资源。

在人文社会科学领域，法律学与经济学学院包含了法律学系和经济学系，为学生提供法律与经济理论与实践的深入学习。

医学方面，医学院及其附属大学医院共同为学生提供了医学教育与研究的平台，培养出众多医学领域的专业人才。

对于哲学爱好者，学校设有多个哲学院，包括I、II、III，以及语言学系、通讯科学系、音乐学系和教育学系等，为学生提供了广泛的人文科学学习机会。

自然科学领域，自然科学院包括物理系、化学系和数学系，以及资讯科学系，为学生提供物理、化学、数学及信息技术等领域的深入研究。

在工程与技术领域，工程技术科学中心提供了广泛的课程与实验资源，旨在培养工程技术专业人才。

此外，学校还设有历史文化学院与农学系与营养科学系以及地球科学系等，为学生提供了全面而丰富的学术研究与学习环境。