蓝山县移民局的内设机构主要包括办公室、扶持股和规划安置股，各司其职，共同推动移民工作的有效进行。

办公室作为综合协调部门，负责机关的政务工作，包括政策调研、文件起草、文秘、保密、档案管理、信访、提案、信息和宣传等事务。它还负责机构编制、人事、劳动和社会保障，以及国有资产监管，同时承担人才培训，并协助库区的社会稳定工作。此外，办公室还负责对移民政策法规的执行情况进行检查监督，并推广开发性移民工作的成功经验和机关党务工作。

扶持股则专注于移民资金的管理和使用。它协助领导拨付移民资金，负责财务和会计核算，负责移民后扶资金和口粮补贴资金的发放，并对全县移民专项资金进行监督。此外，它还负责移民开发统计工作，指导中小型水库移民的财务会计工作，并进行资金效益分析。

规划安置股的核心职责在于移民安置和开发规划。他们负责新老水库库区的移民安置工作，包括基础设施建设和经济发展规划，编制相关规划并制定年度计划。他们协同相关部门编制重点库区开发规划，指导移民搬迁、基础设施建设及开发性生产项目的实施，同时协助移民资金的发放与管理。遇到诱发性灾害和突发性事件，规划安置股也会组织调查处理，并参与移民来信来访的接待工作。